สิ่งสำคัญส่วนต่อมาสำหรับวัตถุดิบในการทำเบเกอรี่คือ “ไขมัน” ซึ่งไขมันในความหมายของเบเกอรี่ ส่วนใหญ่แล้วจะหมายถึงเนยชนิดต่าง ๆ เช่น เนยสด เนยขาว มาร์การีน เพสตรี มาร์การีน ฯลฯ ไขมันมีบทบาทอย่างมากต่อผลิตภัณฑ์ขนมอบ การเลือกใช้ไขมันได้อย่างถูกต้อง จะทำให้ได้ขนมอบที่มีคุณภาพดีตามต้องการ ไขมันที่ใส่ในขนมอบมีหน้าที่สำคัญคือ ทำให้ขนมมีความนุ่ม ช่วยในด้านปริมาตร เป็นตัวให้กลิ่น รส และเพิ่มคุณค่าทางอาหาร

ไขมันและน้ำมันพืชที่ใช้ในการทำผลิตภัณฑ์เบเกอรี่ได้มาจากพืชและสัตว์ ไขมันที่ได้จากสัตว์ ได้แก่ เนยสด ซึ่งเป็นผลิตภัณฑ์จากนมวัว ไขมันจากเมล็ดพืชต่าง ๆ เช่น ฝ้าย ถั่วลิสง ถั่วเหลือง ข้าว งา มะพร้าว ปาล์ม เป็นต้น ไขมันและน้ำมันแต่ละชนิดมีองค์ประกอบและคุณสมบัติที่แตกต่างกันออกไป ตามชนิดของไขมันและน้ำมัน ไขมันและน้ำมันที่ใช้กันมากในการทำเบเกอรี่ ได้แก่ เนยสด ไขมันจากพืช หรือเนยขาว น้ำมันพืช มาร์การีน โกโก้บัตเตอร์
 
เนยสด (Butter)
       ทำจากส่วนที่เป็นไขของน้ำนมวัว โดยนำมาตั้งทิ้งไว้ให้ไขมันลอยหน้า แล้วแยกส่วนไขมันที่ลอยหน้านำมาปั่นให้รวมตัวกันเป็นก้อน  แล้วแยกเอาส่วนที่เป็นน้ำทิ้งไป นำส่วนที่เหลือมานวดให้เข้ากัน ในเนยจะมีไขมันอยู่ไม่ต่ำกว่า 80% มีของเหลวประมาณ 15% น้ำตาลแล็กโทส 0.5% มีสีเหลือง กลิ่นหอม รสหวาน มีลักษณะเป็นของเหลวที่อุณหภูมิห้อง มีคุณสมบัติในการตีเป็นครีมไม่ได้  ขึ้นฟูยากเพราะมีจุดหลอมเหลวต่ำ และขาดความเป็นเนื้อเดียวกัน ดังนั้นเค้กที่ทำจากเนยสดล้วนมีปริมาตรต่ำ เนื้อค่อนข้างแน่นและหยาบ แต่มีรสชาติดี หอม หวาน น่ารับประทาน
 
เนยขาว (Shortening)
       ทำจากน้ำมันพืชบริสุทธิ์ที่ปราศจากกลิ่น เช่น น้ำมันปาล์ม น้ำมันข้าวโพด โดยนำไปผ่านขบวนการเติมไฮโดรเจน ยิ่งผ่านกระบวนการไฮโดรเจนเข้าไปมากเท่าไร ไขมันก็จะยิ่งขึ้นเท่านั้น ไม่มีการเติมกลิ่นสีใด ๆ เนยขาวเป็นไขมันล้วน 100% ไม่มีส่วนของของเหลวเลย มีคุณสมบัติเป็นของแข็งที่อุณหภูมิห้อง สามารถแบ่งเป็นประเภทตามการใช้งานได้ดังนี้
1. ชอร์ตเทนนิ่งสำหรับทำครีม มีคุณสมบัติเด่นในการตีให้ขึ้นฟูได้เร็ว ได้ครีมที่ฟูเบาละลายในปากได้ดี มีสีขาวกว่าและไม่มีกลิ่นรสของสารแปลกปลอม
2. ชอร์ตเทนนิ่งสำหรับทำขนมปังบิสกิต มีคุณสมบัติในการผสมเข้ากับก้อนแป้งได้ง่าย ไม่มีกลิ่นและรสของสารแปลกปลอม
3. ชอร์ตเทนนิ่งสำหรับทอดแบบน้ำมันท่วม ควรมีจุดเกิดควันสูง มีอายุการใช้งานที่ยาวนานกว่าน้ำมันพืชทั่วไป สามารถทอดได้หลายครั้งโดยที่น้ำมันไม่ดำและเมื่อทอดอาหารแล้วอาหารที่ได้จะไม่เลี่ยนน้ำมัน เนื่องจากชอร์ตเทนนิ่งมีคุณสมบัติที่เด่นคือ เป็นของแข็งที่อุณหภูมิห้อง ดังนั้นของที่ทอดแล้วเมื่อเย็นลงขนมจะดูแข็งไม่เยิ้มน้ำมัน
 
ไขมันผสมหรือมาร์การีน (Compound)
       ทำจากไขของพืชหรือสัตว์ที่นำมาผสมกับนมหรือครีมมาร์การีน ส่วนใหญ่จะทำมาจากไขมันพืช เช่น ไขมันปาล์ม ไขมันมะพร้าว ไขมันถั่วเหลือง เป็นต้น มาร์การีนมีส่วนประกอบของไขมัน 80-85% ปรุงแต่งด้วยสีธรรมชาติที่เป็นวิตามินและกลิ่นรสเพื่อให้เหมือนเนย มาร์การีนผลิตขึ้นมาเพื่อใช้แทนเนยสด ซึ่งสมัยหนึ่งเกิดการขาดแคลนขึ้น โดยมีการปรุงแต่งรสชาติและกลิ่นให้ใกล้เคียงกับเนยสดมากที่สุด มาร์การีนมีคุณสมบัติเป็นของแข็งที่อุณหภูมิห้อง 38-40 องศาเซลเซียส ทำให้ตีขึ้นฟูได้ดี ถ้านำมาทำเค้กจะได้เนื้อเค้กที่ฟูเบา นุ่มและชุ่มนานกว่าเนื้อเค้กที่ทำจากเนยสดล้วน ๆ เนื่องจากในมาร์การีนจะมีสารอีมัลซิไฟเออร์ ซึ่งทำให้น้ำและไขมันเข้ากันได้ดี ทำให้โมเลกุลของน้ำอยู่ในเนื้อเค้กได้นานขึ้น มาร์การีนสามารถแบ่งเป็นประเภทต่าง ๆ ได้ดังนี้

- มาร์การีนสำหรับทำเค้ก (Cake Margarine) คุกกี้และเอแคลร์ มีคุณสมบัติในการตีขึ้นฟูได้ดี ได้เค้กที่มีปริมาณมากและฟูเบา
- มาร์การีนสำหรับทำครีม (Creaming Margarine) มีคุณสมบัติในการตีขึ้นฟูได้ดี และละลายในปากได้ดีด้วย มีจุดละลายสูงและมีช่วงสภาพยืดหยุ่นที่สูง สามารถนำมาใช้ทำขนมเค้กแทนเนยสดได้
- มาร์การีนสำหรับพายชั้นเดนิชเพสตรีและครัวซองต์ (Pastry Margarine) เป็นมาร์การีนที่มีจุดหลอมเหลวสูง และมีคุณสมบัติที่เรียกว่าพลาสติซิตี้ คือมีความเหนียว รีดคลึงได้ง่าย มาร์การีนทะลักออกจากแผ่นแป้งเวลาคลึง ถ้าไขมันที่ใส่เข้าไปเพื่อรีดพับให้เป็นชั้นนั้นแข็งหรือแตกง่าย ไขมันก็จะทำให้โดฉีกขาดในระหว่างการรีดพับ
- มาร์การีนชนิดอ่อน มาร์การีนชนิดนี้โดยปกติต้องเก็บในตู้เย็น เพราะมีจุดละลายต่ำจะละลายเมื่อตั้งทิ้งไว้ในอุณหภูมิห้อง มีความอ่อนตัวสามารถตักป้ายบนแผ่นขนมปังรับประทานได้ มีกลิ่นรสคล้ายเนยสด ละลายง่ายในปาก

โกโก้บัตเตอร์
       ส่วนใหญ่ใช้ในการทำอุตสาหกรรมขนมหวาน ทำจากผลโกโก้ มีสีครีม เหลือง มีกลิ่นรสของช็อกโกแลต ปริมาณไขมัน 92%

น้ำมันพืช (Vegetable Oil)
       เป็นน้ำมันที่ได้จากเมล็ดแห้งของพืชที่ให้น้ำมัน นำมาผ่านขบวนการต่าง ๆ เพื่อให้ได้น้ำมันที่บริสุทธิ์ ขจัดสีและสิ่งแปลกปลอมออกไป สีของน้ำมันขึ้นอยู่กับพืชที่นำมาใช้สกัดน้ำมัน เช่น น้ำมันที่ได้จากถั่วลิสงและจากเมล็ดฝ้ายจะไม่มีสี ในขณะที่น้ำมันจากข้าวโพดและถั่วเหลืองอาจจะมีสีเหลืองอ่อน ๆ มีลักษณะเป็นของเหลวที่อุณหภูมิห้อง และปริมาณไขมัน 100%