น้ำผึ้งที่ดีจะเก็บไว้ได้นานโดยไม่ต้องทำอะไรทั้งสิ้น ซึ่งน้ำผึ้งดีมีความชื้นไม่เกิน 18 % แต่ถ้ามีปริมาณความชื้นสูงน้ำผึ้งจะเก็บไว้ได้ไม่นาน เกิดรสเปรี้ยวได้ง่าย

ควรนำมาตั้งไฟอ่อน ๆ เพื่อเคี่ยวให้น้ำระเหยออกไปบ้าง การเคี่ยวอย่าใช้ไฟแรงหรือต้มจนเดือดเพราะจะทำให้สารที่มีประโยชน์ถูกทำลาย และเมื่อเคี่ยวจนน้ำผึ้งมีความเหนียวพอควรแล้ว บรรจุในขวดสะอาดปิดฝานำไปเก็บในที่อุณหภูมิต่ำ ๆ จะช่วยป้องกันการเปลี่ยนสีของน้ำผึ้ง